Trong lúc tìm hiểu về Shadow, nhóm của Sonic phát hiện ra hắn không phải một kẻ phản diện thông thường. Shadow thực chất là một dự án bí mật được tạo ra từ nhiều năm trước bởi Tiến sĩ Gerald Robotnik—ông nội của Eggman. Shadow được sinh ra để trở thành chiến binh tối thượng, nhưng có một quá khứ đau buồn khiến hắn quyết định đối đầu với thế giới.
Tuy nhiên, đằng sau Shadow còn có một thế lực lớn hơn. Một thế lực đang âm thầm thao túng hắn, sử dụng sức mạnh của hắn cho một mục đích khủng khiếp.